تم تشكيل مجلس إدارة الهيئة العامة للمنشآت الصغيرة والمتوسطة من14 جهة حكومية برئاسة وزير التجارة وعضوية ممثلين من وزارات المالية والتخطيط والاقتصاد الوطني والعمل والتعليم والهيئة العامة للاستثمار ومؤسسة النقد السعودي والبنك السعودي للتسليف والادخار، ومجلس الغرف التجارية الصناعية وصندوق التنمية الصناعي السعودي وصندوق تنمية الموارد البشرية ومدينة الملك عبدالعزيز للعلوم والتقنية ومحافظ الهيئة العامة للمنشآت الصغيرة والمتوسطة إضافة إلى شخصين من المهتمين بهذا المجال.
ويحقق المجلس أهداف الهيئة في تنظيم قطاع المنشآت في المملكة ودعمه وتنميته ورعايته، وفقا لأفضل الممارسات العالمية، لرفع إنتاجية تلك المنشآت وزيادة مساهمتها في الناتج المحلي الإجمالي وزيادة الطاقة الاستيعابية للاقتصاد السعودي بما يؤدي إلى توليد الوظائف وإيجاد فرص عمل للقوى العاملة الوطنية وتوطين التقنية. وتتولى الهيئة وتعريف المنشآت، وتصنيفه وتقوميها وإعداد استراتيجية وطنية للمنشآت ، ومتابعة تنفيذها بعد اعتمادها.
كما يقوم المجلس بإنشاء ودعم البرنامج الإلزامية للتنمية وإنشاء مراكز خدمة شاملة للمنشآت، والعمل على إزالة المعوقات الإدارية والتنظيمية والفنية والإجرائية و إيجاد منشآت للتقنية وحاضنات الأعمال، وتنظيمها والتعاون مع الوزارات والهيئات الحكومية، وكذلك المنظمات الدولية.