أكدت المؤسسة العامة للخطوط الحديدية في تصريحات صحفية أن مشروع قطار الحرمين سيتم تشغيله نهاية عام ٢٠١٧، موعد التشغيل الكامل للمشروع سيكون أواخر العام ٢٠١٧ حيث سيكون بمقدور القطار نقل ٩٠٠٠ آلاف راكب في الساعة الواحدة, ونفت المؤسسة ما تم تداوله حول موعد التشغيل بنهاية هذا العام ٢٠١٦ قال أنه غير صحيح.
الجدير بالذكر بان المشروع الذي يعد اكبر مشروع لسكك الحديد بالمملكة مر بالكثير من الصعوبات التي أخرت افتتاحه قليلاً بعد أن تجاوز كل الصعاب والعقبات التي واجهت القائمين عليه ومن أبرزها التعويضات ونزع الملكيات والتي بلغت في مجملها 5150 عقارا منها 1600 عقار مأهول بالسكان تجاوزت قيمتها تسعة مليارات ريال، وغيرها من الصعوبات التي استطاعت المؤسسة التغلب عليها والوصول بالمشروع إلى معدلات إنجاز قياسية حيث وصلت في محطة المدينة بنسبة 100% – محطة رابغ 100% – محطة جدة 96% – محطة مكة المكرمة 97% .